益生菌是一種對人體有益的活性微生物，主要功效圍繞腸道健康、免疫調節和體質改善。
值得注意的是，腸胃保健的研究較多且結論較為一致，但調整體質方面的證據有限，目前沒有一致結論顯示益生菌能直接達成此目的。網友反饋也顯示，不少人表示吃了無感，或若未改善環境（如塵蟎、灰塵），幫助不明顯。
消委會於2025年1月公布了針對市面上40款益生菌膳食補充劑的測試報告，結果顯示多項標示和安全問題。
兩款樣本含糞腸球菌是最嚴重的發現。售價$480的「PicoLabb Formulas」特效益生菌，以及售價$395的「Procalun」東大科研17益菌元，成份含有糞腸球菌。根據聯合國糧食及農業組織與世界衛生組織聯合工作組的建議，糞腸球菌和屎腸球菌這兩種菌株較不穩定，容易被污染或有變成致病菌的風險，加上對抗生素萬古霉素有抗藥性，因此不建議作為益生菌供人類使用。
標示資料不齊全是普遍問題。按國際益生菌協會制定的自願性行業標籤指南，產品應清楚標示益生菌的菌屬、菌種和菌株，以及其數量以菌落形成單位（CFU）表示。然而，只有15款樣本在包裝上清楚標示所有益生菌菌株，1款只標示菌株編號，3款只標示菌屬，20款只列出菌種。當中「G-NiiB」的微生態兒童免疫配方更完全沒有標示相關益生菌的資料，包括菌屬或菌種名稱，只在其成份表中標示為「本地大學研發綜合益生菌」。
價格差異巨大。樣本售價由$99至$788，若按包裝上標示的食用份量計算，每日食用份量的價格由$5.3至$52.6不等，差異接近9倍。
嬰兒使用需謹慎。消委會特別指出，剛出生的嬰兒腸胃道的吸收功能和免疫功能還未發展成熟，應只飲用母乳或嬰兒奶粉，並不建議添加任何嬰兒奶粉以外的食品，包括益生菌。美國FDA警告，益生菌中的微生物有導致極早產或出生體重極低的嬰兒出現菌血症等致命疾病的風險。
聲稱功效未必有科學實證。40款樣本均聲稱有健康功效，主要圍繞改善腸胃健康、提升免疫力、改善濕疹或過敏及提升女性私密部位健康等。但消委會強調，現時沒足夠醫學實證可證明益生菌對濕疹或其他過敏皮膚炎有確實療效，消費者如有皮膚問題應盡早求醫，以免延誤病情。
消委會建議消費者選購時注意：益生菌含量不是越高越好，不同的健康問題所需益生菌種類和數量都不同。某些人在服用益生菌後有機會出現輕微副作用，尤其是剛出生的嬰兒
根據香港網民和專業評測平台的反饋，以下品牌獲得較高評價。
網民普遍建議，選擇益生菌時應注意菌株的多元性和CFU數量，並根據個人需求（如腸胃保健、調整體質或私密處健康）選擇合適的配方。
益生菌的最佳食用時間取決於產品是否具有耐消化道酸鹼的特殊包埋技術。
具有抗酸鹼、耐熱能力，能提高體內益生菌存活率，因此在食用時間上較為彈性。「早上空腹」及「睡前空腹」是兩個最佳食用時段。早上空腹時，由於體內沒有其他食物，胃酸量相對較少，膽鹽較少，有利於益生菌生存及繁殖。睡前補充則因睡眠期間人體會自主代謝，益生菌可促進新陳代謝、幫助消化。營養師建議可以早上服用益生菌以達到最好的效果。
這種益生菌則建議「飯前30分鐘或隨餐服用」。研究指出，餐前30分鐘或隨餐服用益生菌是最佳時機，此時的益生菌存活率最高，容易被人體快速吸收。相較之下，飯後30分鐘內攝取的益生菌存活率最低，因為飯後身體會分泌大量胃酸進行消化，未經特殊包埋技術的益生菌容易受到胃酸破壞。人體空腹與飯後1小時的胃酸pH值為2，為益生菌無法生存的條件。
建議餐與餐中間食用也是常見的專業建議，可避免食物及胃酸的影響。且建議每日同一時間補充，養成習慣較不容易忘記。
其他注意事項包括：避免與熱飲一起食用，因為益生菌不耐高溫，當與熱水、咖啡或茶一起食用時會使益生菌失去活性。水溫應控制在55℃以下。與刺激食物（大蒜、咖啡、茶類）間隔一小時以上。若正在服用抗生素，建議間隔2個小時，否則會干擾到益生菌的活性。
總體而言，包埋型益生菌可選擇早上空腹或睡前空腹食用，非包埋型益生菌則建議飯前30分鐘或隨餐服用。
益生菌可以長期食用，且不會產生依賴性。益生菌是需要長期補充才能看出效果的保健品，因此只要成分天然無添加，長期食用並不會產生依賴性，且即使停止補充，消化道也不會失去其原有的機能。
長期補充的好處包括：從根本調整體質，幫助消化、使排便順暢，提升營養素吸收率。特定產品若經過健康食品認證，具備調整過敏體質、免疫調節等功效，長期補充有助於減緩季節交替不適。消化道內的菌群組成每天都會受到飲食、壓力、環境等因素影響，因此只要持續補充益生菌，穩定友善菌群的比例，便能從根本調整體質，幫助消化道維持在最佳狀態。
建議補充時間至少要持續3至6個月。由於個人的體質、生活作息不同，加上各種益生菌菌株的作用時間各異，實際感受時間也可能不一樣。若持續補充超過2個月都沒有明顯改善，建議直接諮詢專業營養師或醫師。補充初期菌群會在消化道中競爭，隨著有益菌的增長，消化道環境會逐漸調整，使排便順暢、精力提升等會越來越有感。
安全性考量方面，對大部分的健康成年人來說，長期吃普遍認為是安全的。最常見的副作用通常發生在剛開始吃的時候，可能會覺得肚子脹脹的、排氣變多，甚至有點拉肚子或便秘。這通常是因為腸道裡的菌叢正在重新建立平衡，這種狀況通常幾天或一兩個禮拜就會慢慢改善。
需要特別留意的是，市面上某些標榜「促進排便」的商品可能添加了阿勃勒、番瀉葉、蘆薈素等瀉藥成分，若長期食用的確可能影響消化道機能。因此建議在選購前仔細閱讀成分標示，或是諮詢營養師與醫師，確保你選擇的益生菌是原料單純、無添加有害成分的產品。
特殊人群需謹慎。免疫系統較弱者、接受化療者、重病患者（特別是病重的嬰兒）以及近期接受手術者應謹慎使用。有極少數的案例可能會造成感染，因此這些人群在服用前應諮詢醫師。
不會產生抗藥性。益生菌本身不會引起抗藥性，但食藥署在2019年已明確禁止使用糞腸球菌和屎腸球菌作為益生菌添加的原料，因這2種菌株可能攜帶抗藥基因，進而在消化道內傳播抗藥性。
總結而言，正規的益生菌長期使用下通常是安全的，並能為人體帶來多種健康益處。然而，使用者仍需注意產品配方中的添加物是否恰當，特別是應避免含有瀉藥成分的中藥和植物萃取物。
