在醫院管理局的醫療服務項目中，「大腸鏡檢查」一般被稱為結腸鏡檢查 (Colonoscopy)。
結腸鏡檢查的收費會視乎病人的麻醉方式（如是否需要全身麻醉）、檢查的複雜程度，以及是否需要同步進行切除息肉、止血、放置支架或黏膜剝離等進階治療而有所不同。收費主要分為「內窺鏡及活組織檢查程序（不需全身麻醉）」及「手術」兩大類別。
以下為大腸鏡（結腸鏡）檢查詳細收費表：
| 手術項目 | 手術分類 | 手術收費範圍 |
| 診斷性結腸鏡檢查 (Diagnostic colonoscopy) | 第二類小型手術(MINOR II) | HK$18,851 – HK$28,600 |
| 結腸鏡檢查及活組織檢查 (Colonoscopy & biopsy) | ||
| 透過結腸鏡進行息肉切除術 (Polypectomy via colonoscopy) | ||
| 結腸鏡檢查及控制出血 (Colonoscopy and control of bleeding) | 第一類中型手術(INTERMEDIATE I) | HK$28,601 – HK$45,050 |
| 結腸鏡檢查伴黏膜切除術 (Colonoscopy with mucosectomy) | ||
| 結腸鏡檢查伴支架置放 (Colonoscopy with stenting) | ||
| 結腸鏡檢查 (Colonoscopy) | 第三類內窺鏡程序(不需全身麻醉) | HK$11,650 – HK$59,150 |
| 結腸鏡檢查 + 息肉 / 病變組織切除 | ||
| 結腸鏡檢查 + 支架置放 | ||
| 結腸鏡檢查 + 內窺鏡黏膜下剝離術 (±監測麻醉)(Colonoscopy + ESD) | 第四類內窺鏡程序(不需全身麻醉) | HK$44,350 – HK$133,100 |
| 透過結腸鏡進行結腸 / 直腸內窺鏡全層切除術(Endoscopic full thickness resection) | 第一類大型手術(MAJOR I) | HK$55,901 – HK$72,250 |
| 透過結腸鏡進行結腸 / 直腸內窺鏡黏膜下剝離術(Endoscopic submucosal dissection) |
以下根據各私家醫院歷史收費數據（第50及第90個百分位數）整理的大腸鏡檢查及相關收費表：
| 醫院 | 日間手術收費 | 住院手術收費 |
| 中大醫院 | HK$18,700 – HK$23,232 | HK$24,071 – HK$41,016 |
| 港怡醫院 | HK$19,699 – HK$31,613 | HK$26,507 – HK$50,049 |
| 寶血醫院 | HK$10,434 – HK$16,555 | HK$26,202 – HK$42,986 |
| 法國醫院 | HK$17,198 – HK$23,866 | HK$26,348 – HK$37,360 |
| 香港港安醫院(司徒拔道) | HK$31,838 – HK$41,702 | HK$31,838 – HK$41,702 |
| 荃灣港安醫院 | HK$10,130 – HK$16,004 | HK$34,696 – HK$59,319 |
| 浸會醫院 | HK$19,980 – HK$35,250 | HK$27,472 – HK$57,668 |
| 養和醫院 | HK$24,403 – HK$34,191 | HK$34,918 – HK$66,021 |
| 聖保祿醫院 | HK$20,449 – HK$27,961 | HK$26,687 – HK$40,584 |
| 仁安醫院 | HK$21,490 – HK$25,550 | HK$21,490 – HK$25,550 |
| 明德國際醫院 | HK$30,473 – HK$66,547 | HK$51,840 – HK$65,136 |
| 播道醫院 | HK$15,537 – HK$19,924 | HK$20,906 – HK$28,429 |
| 嘉諾撒醫院 | HK$20,923 – HK$33,168 | HK$29,296 – HK$58,707 |
| 診所 | 檢查收費 | 額外收費 |
| 高清腸胃內視鏡中心（葵芳/觀塘/元朗） | HK$9,200 – HK$13,800 | HK$3,500（監測麻醉） |
| 高清腸胃內視鏡 (中環) | HK$10,800 – HK$17,300 | HK$3,500（監測麻醉） |
| 香港內科及腸胃中心 | HK$10,800 | HK$1,500起（活組織拑取及病理學化驗）
HK$3,000起（息肉切除及病理學化驗） 1/3醫生手術費（麻醉專科醫生施行監察麻醉） HK$1,000（施行監察麻醉設施） |
| 香港專科 | HK$12,500 – HK$17,900 | HK$4,400（痔瘡橡皮圈結紮術） |
| 雅蘭高清腸胃內視鏡中心 | HK$8,800 – HK$13,800 | HK$3,500（監測麻醉） |
無論在公立、私家醫院或診所，照腸鏡費用主要受以下幾項因素影響：
如果是在主診註冊醫生的書面建議後進行大腸鏡檢查，當中牽涉的合資格門診診金、藥費、檢查費及麻醉師費，都在Bowtie 自願醫保計劃保障範圍之內，以 Bowtie 自願醫保（標準/靈活）及 Bowtie Pink 自願醫保為例，下表將列出各腸鏡檢查項目的保障額作為參考︰
| 檢查項目 | 保障額 | ||
| Bowtie 自願醫保（標準） | Bowtie 自願醫保（靈活） | Bowtie Pink 自願醫保 | |
| 結腸鏡檢查連或不連活體組織檢查 | 每項手術的外科醫生費︰ | 每項手術的外科醫生費︰
靈活計劃 (基本) 靈活計劃 (升級) |
全數賠償# |
| 結腸鏡檢查，連息肉切除術 | |||
| 乙狀結腸內窺鏡檢查 | |||
